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スマホやノートパソコンを使っていると失明する
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【Windows 10・11】ブルーライトカットの設定方法！
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777 民族の起源・DNA解析 関係投稿集
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777 日本史 関係投稿集
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最新のゲノム解析が明かした日本人の起源
https://a111111.hatenablog.com/entry/2025/09/03/090315
【最新研究で解き明かす】縄文時代はなぜ1万年も続いたのか？日本史最大の謎に科学で迫る。
https://a111111.hatenablog.com/entry/2025/09/20/040301
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縄文人の“真の姿”が判明！ゲノム解析が暴いた日本人のルーツ
世界ミステリーch 2025年11月17日
日本人のルーツが最新研究で覆る？ 2025年10月の第79回日本人類学会大会で、衝撃のゲノム解析が発表されました。DNAが語る真実…それは「1万5000年近く隔絶された縄文人」の姿。さらに土井ヶ浜遺跡の弥生人が「段階的移住説」を覆す新事実も。DNA解析が暴く、日本人の起源のミステリーを徹底解説！
■チャプター■
00:08 オープニング・最新の「日本人のルーツ研究」発表について
01:13 ポイント①：縄文人は1万年以上“長期孤立”していた
03:26 孤立が意味すること：縄文文化は外来ではなく“内側から進化”
04:30 縄文内部の多様性と地域差の形成
05:35 ポイント②：弥生人は“段階的な二波”ではなく“すでに大陸で混ざっていた”
06:39 弥生初期の1人に現代日本人の要素がすべて揃っていた
07:46 日本人のルーツ＝「縄文＋大陸系＋北方系」の三重構造モデル
08:49 日本人原型は“古墳時代ではなく弥生初期”にすでに成立
09:53 学説は書き換えではなく“ピントが合う”方向へ
10:59 最終まとめ：形（考古学）と設計図（DNA）の両方が重要
12:03 エンディング
【衝撃の最新研究】現代人DNA解析で判明！ヤポネシアゲノムが覆す日本人起源の常識とは
麗しの日本史 2025/09/02
私たち日本人は一体どこから来たのでしょうか。
最新のゲノム解析が明かした驚愕の真実が、あなたの常識を根底から覆します。
従来の学説では説明できない複雑な遺伝的構造が発見され、日本人の成り立ちは想像以上に奥深いものでした。
この動画を見終えた時、あなたは自分自身のルーツについて全く新しい視点を得ているはずです。
麗しの日本史 - YouTube
https://www.youtube.com/@uruwashi_no_nihonshi/videos
https://www.youtube.com/@uruwashi_no_nihonshi/playlists
【古代日本の謎】旧石器・縄文・弥生から奈良時代までまとめてみた - YouTube
https://www.youtube.com/playlist?list=PLojAYvJCtDWX4Y_cri-iivKlLhGeK_N8-
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【国立科学博物館公式】日本人の起源を探る！特別展「古代ＤＮＡ―日本人のきた道―」篠田館長解説動画
【国立科学博物館公式】かはくチャンネル 2025/05/09
－ルーツを探れ、彼らの声を聴け―
遺跡から発掘された古代の人々の骨に残るごく僅かなＤＮＡを解読し、人類の足跡をたどる古代ＤＮＡ研究。近年では技術の発展とともに飛躍的な進化を遂げ、ホモ・サピエンスの歩んできた道のりが従来想像されていたよりもはるかに複雑であったことが分かってきました。本展では、日本各地の古人骨や考古資料、高精細の古人頭骨CG映像などによって、最新の研究で見えてきた遥かなる日本人のきた道と、集団の歴史が語る未来へのメッセージをお伝えいたします。
この動画では、そんな特別展「古代ＤＮＡー日本人のきた道ー」の見どころを総合監修 篠田館長解説のもと、時代に沿ってお伝えいたします。
特別展「古代ＤＮＡ―日本人のきた道―」1/28報道発表会 展覧会紹介（章構成、みどころ解説）
遺跡から発掘された人骨に残るＤＮＡを分析する古代ＤＮＡ研究。近年の技術革新で体や顔つき、生活のほか、ルーツの解明まで可能にしています。
日本各地の古人骨や埴輪や土偶などの考古資料、高精細の古人頭骨ＣＧ映像などによって古代人の姿に迫る特別展「古代ＤＮＡ―日本人のきた道―」の開幕に先立ち、1月28日に報道発表会を行いました。
総合監修の篠田謙一・国立科学博物館長、藤尾慎一郎・国立歴史民俗博物館名誉教授による本展の紹介（章構成、みどころ解説）です。
（2025年1月28日撮影）
©国立科学博物館
特別展「古代ＤＮＡ―日本人のきた道―」 1/28報道発表会 総合監修者と井上咲楽さんとのトークセッション
遺跡から発掘された人骨に残るＤＮＡを分析する古代ＤＮＡ研究。近年の技術革新で体や顔つき、生活のほか、ルーツの解明まで可能にしています。
日本各地の古人骨や埴輪や土偶などの考古資料、高精細の古人頭骨ＣＧ映像などによって古代人の姿に迫る特別展「古代ＤＮＡ―日本人のきた道―」の開幕に先立ち、1月28日に報道発表会を行いました。
展覧会公式サポーターで音声ガイドのナビゲーターも務めるタレントの井上咲楽さんも登場し、総合監修の篠田謙一・国立科学博物館長、藤尾慎一郎・国立歴史民俗博物館名誉教授と古代トークを繰り広げました。
（2025年1月28日撮影）
【まだ教科書にない人類のルーツ】ノーベル賞「ゲノム研究」でわかった人類史/ネアンデルタール人とホモサピエンスは「子供」を作っていた/謎の人類デニソワ人/国立科学博物館館長･分子人類学者篠田謙一氏に聞く
プレジデント 公式チャンネル 2024/12/24
0:00 そもそも人類学とは何か
5:07 ゲノム解析で生物学に変化が
8:10 人類史が書き換えられた！？
12:59 ネアンデルタール人のDNA
17:48 謎の人類「デニソワ人」
20:22 6万年前にアフリカを出発
23:52アメリカへはいつ行ったか
27:05ホモサピエンスは虚構を作る？
【9割は「外来種」日本人のDNA】縄文人と弥生人は違う種だった？/人類は1万年前よりバカになっている？/沖縄3割･アイヌ7割「日本人の二重構造モデル」/国立科学博物館館長･分子人類学者篠田謙一氏に聞く
プレジデント 公式チャンネル 2024/12/25
0:00 日本人は大陸からやってきた
5:27 弥生時代は混血の時代？
9:21 縄文人と弥生人は何が違うか
13:09 人類の脳容積は減っている？
17:09 我々はどっちの方向へ行くのか
21:13 日本人の「二重構造モデル」
24:30 邪馬台国はどこにあったか
29:44 日本人とは何なのか？
▼出演者
篠田謙一｜国立科学博物館館長 1955年生まれ。京都大学理学部卒業。79年産業医科大学解剖学講座助手。86年佐賀医科大学解剖学講座助手。94年講師。96年助教授。2003年国立科学博物館人類第一研究室室長。09年同人類史研究グループ長。21年より現職。医学博士。専門は分子人類学。著書に『人類の起源』『日本人になった祖先たち』等。
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【最新研究】これまでの日本人の起源が覆ります！！
世界ミステリーch 2024/05/04
これまで日本人の起源は縄文人と弥生人の混血とされてきました。これは二重構造説と言います。しかし、新たな研究によってこの定説が覆ることになりました。それが日本人の起源は縄文人と弥生人、そしてもう一つの人々の混血というもの。今回はこの新しい説を解説していきます。
世界ミステリーch - YouTube
https://www.youtube.com/@sekaimystery/playlists
https://www.youtube.com/@sekaimystery/videos
人類の起源【世界ミステリーch】 - YouTube
https://www.youtube.com/playlist?list=PLeBS5noj71yhu4VDWI2FS1kUVbfIqhWCL
歴史教科書が嘘！？最新DNAが語る「弥生人」のヤバすぎる秘密
2025/05/26
教科書で習う弥生人の話は本当だったのか？最近のDNAの研究で弥生人のルーツも色々とわかってきました。今回は現時点で判明している弥生人についての説を紹介していきます。
■チャプター■
00:09 オープニング：黒曜石に秘められたロマン
01:15 アステカ文明と黒曜石：神殿・神話・儀式の中心にあった石
02:21 切れ味最強！黒曜石が武器と道具に選ばれた理由
03:25 黒曜石と信仰：神の象徴、そして儀式のナイフに
04:31 黒曜石と経済：アステカの貢納と交易ネットワーク
05:35 縄文時代の黒曜石：日本各地の採取と生活への利用
06:38 縄文の道具文化と黒曜石：狩猟・加工を支えた実用性
07:45 意外とグローバル？縄文の黒曜石流通ネットワーク
08:49 交流と絆の象徴：黒曜石が示す縄文社会の広がり
09:54 世界の黒曜石文化：マヤ・ギリシャ・エジプトの例
10:58 アステカと縄文：遠く離れても黒曜石に込めた意味は共通？
12:02 エンディング：1つの石が語る人類のつながりとロマン
【縄文語】縄文時代にはどんな言葉を話したのか？
2025/05/12
縄文時代の縄文人はどんな言葉を話していたのでしょう？多分「縄文語」と言えるのでしょうが、言葉以上に縄文人はコミュニケーション能力が高かったのかもしれません。
■チャプター■
0:08 オープニング
1:15 縄文人も言葉を話していた？
2:20 アイヌ語との関係と文法的特徴の比較
3:25 縄文語はシンプルだった可能性
4:30 社会構造と敬語表現の関連性
5:37 地名やアイヌ語に残る縄文語の痕跡
6:42 学術的に証明する難しさと弥生時代の影響
7:46 日本語の起源と混成仮説
8:49 縄文人の活発なコミュニケーションと交易
9:55 言語の違いと文化伝播の課題
11:01 ノンバーバルコミュニケーションの発達
12:08 まとめと現代へのメッセージ
米作りは縄文時代に始まった？縄文時代の稲作事情についてお話しします。
2025/05/14
縄文時代の稲作について。色々な説が出ているこの話題ですが、現時点でわかっていることを話しします。
■チャプター■
0:08 オープニングとテーマ紹介
1:13 寒冷化による縄文人口の激減
2:19 食料不足と土偶に込めた願い
3:24 東北と九州で異なる縄文晩期の状況
4:28 稲作とともに来た海の向こうの人々
5:33 なぜすぐに稲作が広まらなかったのか
6:38 稲作の伝播はとてもゆっくりだった
7:42 日本最古の水田と東日本への伝播の謎
8:47 稲作が東日本で一度失敗した理由
9:51 古い稲作説とその否定（コンタミネーション問題）
10:58 稲作を受け入れなかった北海道と沖縄の事情
12:02 続縄文文化とアイヌ文化への連続性
13:07 教科書にはない歴史のグラデーション
参考：引用：
2024年4月18日 理化学研究所
全ゲノム解析で明らかになる日本人の遺伝的起源と特徴
－ネアンデルタール人・デニソワ人の遺伝子混入と自然選択－
https://www.riken.jp/press/2024/20240418_2/index.html
理化学研究所（理研）生命医科学研究センター ゲノム解析応用研究チームの寺尾 知可史 チームリーダー（静岡県立総合病院 臨床研究部 免疫研究部長、静岡県立大学 薬学部ゲノム病態解析講座 特任教授）、劉 暁渓 上級研究員（研究当時：ゲノム解析応用研究チーム 研究員; 静岡県立総合病院 臨床研究部 研究員）、東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター シークエンス技術開発分野の松田 浩一 特任教授らの共同研究グループは、大規模な日本人の全ゲノムシークエンス（WGS）[1]情報を分析し、日本人集団の遺伝的構造、ネアンデルタール人[2]およびデニソワ人[3]由来のDNAと病気の関連性、そしてゲノムの自然選択が影響を及ぼしている領域を複数発見しました。
本研究成果は、日本人集団の遺伝的特徴や起源の理解、さらには個別化医療[4]や創薬研究への貢献が期待されます。
今回、共同研究グループは、バイオバンク・ジャパン（BBJ）[5]が提供した3,256人分の日本人の全ゲノム情報を分析しました。この研究を通じて、日本人の祖先に関わる三つの源流（縄文系祖先、関西系祖先、東北系祖先）の起源を明らかにしました。また、現生人類（ホモ・サピエンス）の最も近縁とされる古代型人類ネアンデルタール人やデニソワ人から受け継いだ遺伝子領域を特定しました。一部の日本人が持つNKX6-1遺伝子領域は、2型糖尿病リスクと関連しており、この領域がデニソワ人由来であることが明らかになりました。さらに、日本人の遺伝子における自然選択が作用している領域も同定しました。
本研究は、科学雑誌『Science Advances』オンライン版（4月17日付：日本時間4月18日）に掲載されました。
大規模な日本人の全ゲノムシーケンスから日本人集団の遺伝的構造などを解明
背景
全ゲノムシークエンス（WGS）データは、遺伝学および生物医学で不可欠なものとなっています。WGSデータの分析を通じて、人間の遺伝的多様性や自然選択のプロセスを理解する上での新たな扉が開かれました。また、個別化医療や創薬研究におけるゲノムワイド関連解析（GWAS）の解析能力を格段に向上させ、病気に関わるバリアントの同定や治療標的の特定へとつながっています。
しかし、日本人集団を対象としたWGS研究は、限定的な規模にとどまっていました。このギャップを埋めるため、共同研究グループは全国7地域から集めた3,256人分のゲノム情報を解析し、日本人特有の遺伝的特徴を明らかにすることを企図しました。この大規模なデータセットにより、日本人の遺伝的起源、ネアンデルタール人やデニソワ人との遺伝的つながり、そして自然選択のプロセスに新たな光を当てることができました。
研究手法と成果
バイオバンク・ジャパン（BBJ）により、全国7地域（北海道、東北、関東、中部、関西、九州、沖縄）の医療機関に登録された合計3,256人分の全ゲノムシーケンス（WGS）を行って、「Japanese Encyclopedia of Whole/Exome Sequencing Library（JEWEL）」というデータセットが作成されました（図1A）。この最終データセットは、45,586,919個のSNV[6]と9,113,420個のindel[7]を含み、そのうち15,410,953個（32.7％）がJEWELで新たに観察されたバリアント[8]です。これは日本における最も包括的な全ゲノムシーケンスデータの一つです。日本人の集団構造を理解するために、まずコモンバリアント[8]に基づいて従来の主成分分析（PCA）[9]を行いました。以前の研究と同様に、この分析から沖縄と本土クラスターの二重構造が再現されました（図1B）。レアバリアント[8]が人口構造を明らかにする上でより多くの情報を提供する可能性があると仮定し、1,835,116個のレアバリアントを使用した次元削減（PCA－UMAP）分析[10]を行いました。この分析により、日本人口の前例のない遺伝構造が明らかになりました（図1C）。この構造は、コモンバリアントに基づいてPCAから得られたパターンを再現するだけでなく、いくつかの顕著な特徴を示しています。
具体的には次の通りです。
さらに、WGSのデータADMIXTURE分析[11]による解析結果は、日本人口は三つの祖先（以下、K1、K2、K3）の混合によって最もよくモデル化できることを示唆しています。K1、K2、K3はそれぞれ沖縄、東北、関西で最も高まります（図1D）。K1（沖縄）成分は、南（沖縄に隣接する地域）を除く本土のサブグループで比較的安定した割合の約12％を維持し、南ではより高い割合の22％を示しました。K2（東北）とK3（関西）成分は西から東北へ徐々に変化していくことが分かります（図1D）。
図1 全ゲノムシーケンスデータを使用した日本人集団構造結果
- A）サンプルが集められた日本の七つの地域。
- B）コモンバリアントを基にしたPCA分析を行い、参加者を集めた地域ごとに色分けした。
- C）レアバリアントに基づくPCA-UMAP分析を示す。
- B）、C）では、一つ一つの点が個人を表しており、点と点との距離は遺伝学的な違いを反映している。近い点ほど遺伝学的には近縁である。この二つの図では、出身地を元にした遺伝背景の違いにより、色分けして表示している。
- D）ADMIXTURE分析を行い、三つの集団（K=3）に分けた。沖縄以外の地域からはランダムに100人を選び、沖縄からは全員（28人）をそれぞれ分析した。K1は沖縄、K2とK3はそれぞれ東北と関西で最も高い値を示す。
以前の研究により、日本人が縄文人および東アジア（EA、主に漢民族）の祖先を持つことが示唆されています。最近の古代ゲノムの分析からは、北東アジア（NEA）の祖先の影響も指摘されています。この背景のもと、共同研究グループは、縄文、EA、NEAの現代および古代の遺伝データを今回のデータと共に分析しました。
縄文の祖先比率については、沖縄が最も高い比率（28.5％）を持ち、次いで東北（18.9％）である一方、関西が最も低い（13.4％）と推定されました。これは、縄文人と沖縄の人々の間に高い遺伝的親和性があることを示す以前の研究と一致しています。また、関西地方は漢民族と遺伝的親和性が高いことが明らかになりました。
さらに、共同研究グループは中国、韓国、日本から報告された古代人ゲノムデータを使って、東北と関西の間の遺伝的親和性の違いを評価しました。その結果、関西人と黄河（YR）またはその上流地域の中新石器時代および後新石器時代古代中国集団との間に顕著に密接な関係があることが見受けられました。対照的に、東北地方の個体は、縄文人との遺伝的親和性が顕著に高く、また沖縄の宮古島の古代日本人ゲノム（高い縄文比率を持つ）や韓国三国時代（4～5世紀）の古代韓国人とも高い遺伝的親和性を持つことが示されました。
共同研究グループは、絶滅したネアンデルタール人やデニソワ人から引き継がれた可能性のある遺伝子配列を検出するために、最新の確率的手法IBDmix[12]を使用しました。JEWELの個々のデータ分析により、ネアンデルタール人由来の約49Mb（メガ・ベース：DNAの長さの単位で1Mbは100万塩基対）とデニソワ人由来の約1.47Mbの遺伝子配列が検出されました。合計で、ネアンデルタール人から引き継がれた可能性が高い3,079セグメント（ゲノム領域）とデニソワ人から引き継がれた可能性の高い210セグメントが特定され、それぞれ772Mbと31.46Mbのゲノムをカバーしています（図2）。
図2 日本人集団におけるネアンデルタール人またはデニソワ人から混入されたDNA配列
各染色体にわたり混入された配列の分布を示す密度プロット。上部のトラック（青で示される）はネアンデルタール人から直接受け継がれたと考えられる配列を表し、下部のトラック（赤で示される）はデニソワ人からの配列を示す。
BBJからGWASの結果に基づいて、引き継がれた配列が106の表現型に与える影響を調査しました。デニソワ人由来2個とネアンデルタール人由来42個を含む44の領域と49の表現型とが関連付けられました。これらのうち43の関連は、以前の研究では報告されていません。特に、POLR3Eのデニソワ人由来セグメントは身長と、NKX6-1のセグメントは2型糖尿病（T2D）と関連していました（図3）。
図3 デニソワ人から混入された遺伝子
NKX6-1遺伝子の領域におけるデニソワ人から直接受け継がれたと考えられる変異は、日本人集団における2型糖尿病（T2D）と関連している。横軸にヒトゲノム染色体上の位置、縦軸に各変異のT2Dとの関連の強さを示した。三角形はデニソワ人から受け継がれた変異を指し、灰色の点はそれ以外の変異を示す。
さらに、ネアンデルタール人由来のセグメントはT2D、冠状動脈疾患（CAD）、安定狭心症（SAP）、アトピー性皮膚炎（AD）、グレーブス病（GD）、前立腺がん（PrCa）、関節リウマチ（RA）など七つの病気と関連する11の領域が観察されました。これらの発見は、特に東アジア人において顕著な集団特異性を示しており、日本人におけるアリル頻度[13]の中央値が欧州人と比較して21.5倍であることが分かりました。
共同研究グループは、日本人口において選択された可能性があるゲノム領域を特定するために、全ゲノムスキャンを、iHS[14]とFastSMC[15]という二つの方法で実施しました。iHS法により、共同研究グループは全ゲノム（MHC、ADHクラスター、およびALDH2を含む）の有意水準で正の選択下にある三つの領域を特定しました（図4A）。さらに、関西、関東、東北、九州、沖縄の五つの代表的な地域を横断する選択プロファイルの潜在的な地域差を探りました。本州地域全体で類似の選択プロファイルが観察されましたが、アルコール代謝に関係するADHクラスターシグナルは沖縄では比較的弱く、ALDH2遺伝子領域への自然選択は本土集団でのみ検出されました。これらの差異は、沖縄のサンプルサイズが限られているため、または選択圧が異なる可能性があるため、さらなる研究が必要です。さらに、iHS法で観察されたシグナルを検証する補完的なアプローチとしてFastSMC法を使用しました（図4B）。この方法は、過去50世代で選択の対象となった可能性がある四つの候補領域を特定しました。これには、iHS法で有意であった三つの領域（ADH、ALDH2、MHC）と、候補領域2p25.3が含まれます。これら三つの領域（ADH、ALDH2、MHC）は、以前の研究でも検出されており、日本人口における自己免疫系とアルコール代謝経路への強い選択圧の存在をさらに裏付けるものです。
図4 自然選択検出の結果
- A:iHS法では、自然選択された可能性のある三つのゲノム領域が特定された。
- B:FastSMC法では、自然選択された可能性のある四つのゲノム領域が特定された。
グラフの横軸は染色体上の位置、縦軸は自然選択の痕跡の強さを表す。プロットは各領域の解析結果を示し、縦軸の値が大きいほど強く自然選択の影響を受けたことを意味する。
今後の期待
この研究は、日本人の起源について重要な洞察を提供しています。今まで「二重構造」モデル[16]、つまり縄文時代の狩猟採集民と大陸からの弥生時代の稲作移民の混血により現代の日本人が形成されたという説は広く受け入れられてきました。最近日本列島の遺跡から出土した人骨のゲノムの研究による「三重構造」モデル[17]、すなわち、縄文人の祖先集団、北東アジアに起源を持ち弥生時代に日本に渡ってきた集団、そして東アジアに起源を持ち古墳時代に日本に渡ってきた集団の三集団の混血により日本人が形成されたという説が提唱されました。しかし、先行研究で用いられた古人骨全ゲノムのサンプル数は制限されており、より多くの解析が必要と考えられていました。本研究は、大規模な現代日本人ゲノム情報に基づいて、この三重構造モデルの裏付けになり、日本の人口構造をより適切に説明する可能性があると考えられます。さらに、本研究では初めて日本人の遺伝的構造に対する東北地方人の祖先の影響の重要性が強調されました。東北地方は歴史的に蝦夷（エミシ）が居住していた地域であり、彼らの起源を調べる必要があります。
遺伝的分析により、現生人類に非常に近い、絶滅したネアンデルタール人やデニソワ人から引き継がれたDNAが現代日本人の遺伝的多様性にどのように寄与しているか、またその病気感受性や表現型特性に与える影響はどうか、という点についての理解が深まりました。さらに、ALDH2やADHクラスターなど進化的選択を受けた特定遺伝子が日本人の免疫応答やアルコール代謝に重要な役割を果たしていることがすでに示されています。これらの遺伝特性が健康や疾患リスクにどのように影響するかについて、さらなる研究が期待されます。
この研究は、日本における遺伝学研究の新たなマイルストーンを築き、個別化医療の実現に向けた大きな一歩を踏み出すものです。まず希少遺伝変異、特定集団に特有の変異、疾患関連遺伝子の機能解析に貢献します。これらの遺伝的要素を深く理解することで、病気の原因となる遺伝要因の同定が可能になり、新たな治療法の開発ができるようになると期待されます。さらに、日本人を含む東アジアや世界各地の人々の遺伝的起源と人類史を理解する上で重要な基礎となります。得られた知見は、日本人集団だけでなく、世界の人々に対する個別化医療の発展や新薬の発見にも役立つことが期待されます。将来の研究では、より多くのサンプルと遺伝子解析技術を活用することで、よりよい医療ソリューションの提供につながることが期待されます。
補足説明
- 1.全ゲノムシークエンス（WGS）
マイクロアレイとは異なり、全ゲノム領域でDNAシークエンスを行い、遺伝子配列を決定する技術。マイクロアレイでは捉えることが難しい頻度の低いSNPの検出などに有用である。次世代シークエンサーの登場と改良により、シークエンスの精度改善とコスト低下が進んでおり、今後さらに需要が高まることが期待される。WGSはWhole Genome Sequenceの略。 - 2.ネアンデルタール人
ホモサピエンスとの共通祖先から分離した別系統の人類と考えられている。 - 3.デニソワ人
ネアンデルタール人の兄弟種である可能性が高いが、現生人類とネアンデルタール人の混血によって生まれたのではないかという議論もある。 - 4.個別化医療
一人一人の体質・病気のタイプに合わせた治療を行うこと。例えば、体質・病気に関連している遺伝子を詳細に調べた上で治療を行う。 - 5.バイオバンク・ジャパン（BBJ）
日本人集団27万人を対象とした生体試料のバイオバンクで、東京大学医科学研究所内に設置されている。理化学研究所などが取得した約27万人のゲノムデータを保有する。オーダーメイド医療の実現プログラム、ゲノム研究バイオバンク事業などを通じて事業が実施され、ゲノムDNAや血清サンプルを臨床情報とともに収集し、研究者へのデータ提供や分譲を行っている。 - 6.SNV
一塩基バリアント。ゲノム配列において、ある領域でDNAの塩基配列が個人間で一塩基のみ異なる多様性のこと。SNVはsingle nucleotide variantの略。 - 7.indel
ゲノム配列における塩基配列の挿入（insertion）または欠失（deletion）のどちらかあるいは両方。 - 8.バリアント、コモンバリアント、レアバリアント
バリアントとは、遺伝子の個体ごとの塩基配列の違いのことで、対立遺伝子（アレル頻度）を保有している割合が高いもの（1%以上）がコモンバリアント、低い（1%未満）ものがレアバリアントである。 - 9.主成分分析（PCA）
集団遺伝学で用いられる解析手法の一つ。PCAを用いてゲノム全体にわたる大量のSNP（single nucleotide polymorphism：一塩基多型）の情報を解析すると、各個人が遺伝背景に応じた位置にプロットされるため、個人の間の遺伝的な距離を可視化することができる。SNPとは、ヒトゲノム上の個人差の一つで、ヒトゲノムに約1,000万カ所存在する一塩基の違い。PCAはprincipal component analysisの略。 - 10.次元削減（PCA－UMAP）分析
データ解析手法の一つ。PCAと組み合わせることで、PCAだけでは区別できない詳細な個人間の遺伝背景の違いを可視化することができる。UPAMはuniform manifold approximation and projectionの略。 - 11.ADMIXTURE分析
人々の遺伝的背景が、異なる集団からどのように来ているかを調べる方法。これを使うと、個人のDNAが異なる地理的または民族的集団からどの程度混ざっているかを推定できる。 - 12.IBDmix
現代人のゲノム内における古代人の遺伝子の混入を特定するための方法。この方法は、遺伝的に関連する個体間で共有されるDNAの断片を探し出すことに基づいている。具体的には、現代人とネアンデルタール人やデニソワ人などの古代人との間で共有されるDNAの部分を特定し、現代人の遺伝子に古代人から直接受け継がれた遺伝子がどの程度含まれているかを分析する。IBDmixはidentity by descent mixingの略。 - 13.アリル頻度
ある集団において特定のSNPが出現する頻度をいう。アリル頻度は人種により大きく異なる。 - 14.iHS
自然選択によって有利な遺伝領域が選択されると、その領域の集団頻度が急速に増加する。このようなゲノム領域を検出する方法。iHSはintegrated haplotype scoreの略。 - 15.FastSMC
ゲノム全領域における自然選択の痕跡を定量化する解析手法の一つ。各ゲノム領域内に含まれる複数のバリアントの共通祖先の系譜を高速に探索することで、数十万人規模のゲノム情報に対する自然選択の解析を可能にしている。 - 16.「二重構造」モデル
埴原和郎（ハニハラ・カズロウ）氏による仮説。日本人の祖先集団は、縄文人、そして北東アジアから渡来した弥生人に由来しており、この2集団は日本列島内で徐々に混血したが、アイヌ人と南西諸島の人においては、北東アジアからの渡来人の影響は少なかった、とする説。 - 17.「三重構造」モデル
日本人の祖先集団は、縄文祖先、北東アジア祖先、東アジア祖先に由来しており、この3集団は日本列島内で徐々に混血したとする説。
https://www.riken.jp/press/2024/20240418_2/index.html
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【最新人類史】縄文人と弥生人の混血比率/朝鮮半島の縄文人とは/縄文人とホアビニアンとの関係/Y染色体ハプログループDの謎/東アジア人と日本人の起源/ホモ・サピエンスがアフリカから東アジアに辿り着くまで
LEMURIA CH／レムリア・チャンネル 2023/12/04
東アジア人類集団人の形成過程に関する研究はヨーロッパに比べ遅れていましたが、ここ数年で東アジアでも古代DNAデータが揃いつつ有り、多くの研究成果が報告されています。
今回は近年の研究で明らかになってきた東アジア人と日本人の起源について解説していきます。
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参考書籍
人類の起源-古代DNAが語るホモ・サピエンスの「大いなる旅」
https://amzn.to/416LMkx
Kindle版
https://amzn.to/3S7C2CK
交雑する人類 古代ＤＮＡが解き明かす新サピエンス史
https://amzn.to/3WLzvie
Kindle版
https://amzn.to/3RcJyvD
日本語の意外な歴史
http://www.jojikanehira.com/
http://www.jojikanehira.com/archives/list
金平譲司 日本語の意外な歴史
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14020106
アイヌ人と沖縄人のDNAを比べると・・・（Y染色体ハプログループDの研究）
2021年5月12日
http://www.jojikanehira.com/archives/15377873.html
日本人のY染色体ハプログループOの研究、人と稲作と言語の広がりは必ずしも一致しない
2022年5月2日
http://www.jojikanehira.com/archives/18431608.html
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日本人祖先の「3系統説」、従来の定説に修正迫る ゲノム解析で進化人類学は「人類、日本人の本質」を探究
2024.07.24
https://scienceportal.jst.go.jp/explore/review/20240724_e01/
「日本人の祖先はどこからやってきたのか」。このロマンに満ちた問いに対しては、祖先は縄文人と大陸から渡来した弥生人が混血したとする「二重構造モデル」が長くほぼ定説となっていた。そこに日本人のゲノム（全遺伝情報）を解析する技術を駆使した研究が盛んになり、最近の、また近年の研究がその説を修正しつつある。
日本人3000人以上のゲノムを解析した結果、日本人の祖先は3つの系統に分けられる可能性が高いことが分かったと理化学研究所（理研）などの研究グループが4月に発表した。この研究とは別に金沢大学などの研究グループは遺跡から出土した人骨のゲノム解析から「現代日本人は大陸から渡ってきた3つの集団を祖先に持つ」と発表し、「三重構造モデル」を提唱している。
理研グループの「3つの祖先系統」説は「三重構造モデル」と見方が重なり、従来の「二重構造モデル」の修正を迫るものだ。日本人の祖先を探究する進化人類学はDNA解析、ゲノム解析の技術という有力手段を手にして、大陸からさまざまな人々が渡来して現代の日本人につながった複雑な過程が見えてきた。今後さらに詳しい私たちのルーツが明らかになっていくだろう。それは「私たちの本質は何か」という壮大な探究テーマの回答を知ることにつながる。
祖先は「縄文系」「関西系」「東北系」の3つに
母から子へ受け継がれるミトコンドリアにはわずかながらDNAが含まれ（ミトコンドリアDNA）、これを解析することにより、母系の血縁の有無が分かって遺伝的なルーツを調べることができる。細胞核に存在する核DNAは両親から半分ずつ子に伝えられる。このため、その配列や突然変異の規模などを解析することで人類の混血、交流や移動を調べることができる。
「3つの祖先系統」説を発表したのは、理研生命医科学研究センターゲノム解析応用研究チームの寺尾知可史チームリーダー、劉暁渓上級研究員や東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センターの松田浩一特任教授ら。寺尾氏は静岡県立総合病院の免疫研究部長や静岡県立大学薬学部特任教授を兼任し、同総合病院や同大学も研究に参画した。
寺尾氏らの研究グループは、多くの人の血液や遺伝情報を集めて保存している組織「バイオバンク・ジャパン」を活用。北海道、東北、関東、中部、関西、九州、沖縄の7地域の医療機関に登録された日本人3256人分のDNAの全配列を詳細に分析してゲノムの特徴を明らかにする膨大な作業を続けた。
その結果、日本人の祖先は主に、沖縄県に多い「縄文系」、関西に多い「関西系」、そして東北に多い「東北系」の3つに分けられることが分かった。さらに調べると縄文系の遺伝情報の割合（祖先比率）は沖縄県が一番高く28.5％、次いで東北で18.9％、関西では最も低く13.4％だった。
「二重構造モデル」に疑問提示
この祖先比率は縄文人と沖縄の人々の間に高い遺伝的親和性があるとの以前の研究とも一致し、関西地方は漢民族と遺伝的親和性が高いことが明らかになった。また、東北系も縄文人との遺伝的親和性が高く、沖縄県・宮古島の古代日本人や韓国三国時代（4～5世紀）ごろの古代韓国人に近かったという。
こうした研究成果は、縄文時代の狩猟採集民族である縄文人と弥生時代に大陸の北東アジアから渡来した稲作移民の弥生人の混血により現代の日本人が形成されたとする「二重構造モデル」に疑問を投げかける内容という。
現代人の祖先はネアンデルタール人やデニソワ人と交雑したとされている。一連のゲノム解析では、現代の日本人にネアンデルタール人やデニソワ人から受け継いだとみられるDNA配列も見つかっている。
デニソワ人から受け継いだ配列には興味深いことに2型糖尿病に関連するものも含まれていたという。DNAの解析は「病気感受性」をも明らかにして個別化医療に道を開くと期待されている。さらに詳しい分析が待たれる。研究論文は4月17日付の米科学誌「サイエンス・アドバンシズ」に掲載された。
人骨のゲノム解析から「三重構造モデル」提唱
理研などの研究グループの発表に先立つ2021年9月。金沢大学などの共同研究グループは、縄文、弥生、古墳時代の遺跡から出土した人骨のゲノム解析した結果、現代の日本人は大陸から渡ってきた3つの集団を祖先に持つことが分かったと、同じくサイエンス・アドバンシズに発表している。
この共同研究グループには当時の金沢大学人間社会研究域附属古代文明・文化資源学研究センターの覚張隆史助教や中込滋樹客員研究員のほか、アイルランドのダブリン大学のダニエル・ブラッドレイ教授や鳥取大学の岡崎健治助教、岡山理科大学の富岡直人教授、富山県埋蔵文化財センターの河西健二所長ら多くの研究者が参加した。
覚張氏らは、縄文時代早期の上黒岩岩陰遺跡（愛媛県久万高原町）、縄文時代前期の小竹貝塚（富山市）、船倉貝塚（岡山県倉敷市）、縄文時代後期の古作貝塚（千葉県船橋市）、平城貝塚（愛媛県愛南町）、古墳時代終末期の岩出横穴墓（金沢市）の 6 遺跡で出土した人骨から計12人分のゲノムを取得し解析した。そして既に報告されている国内の他の遺跡や大陸の遺跡の人骨ゲノムと比較した。
その結果、縄文人の祖先集団は、2万～1万5000年前に大陸の集団（基層集団）から分かれて渡来して1000人ほどの小集団を形成していたことが分かった。そして弥生時代には北東アジアに起源をもつ集団が、また古墳時代には東アジアの集団がそれぞれ渡来してその度に混血があったと推定できたという。
この研究成果は、大陸の集団から分かれた縄文人が暮らしている日本に古墳時代までに2段階にわたって大陸から遺伝的に異なる集団が流入したことを示唆しているという。そして研究グループは、従来の「二重構造モデル」に対して、新たに「三重構造モデル」を提唱した。
ゲノム解析と進化人類学の融合の賜物
金沢大学などの研究グループによる研究は、日本人の祖先を巡る見方に科学的根拠をもって新たな説を提示する画期的な成果だった。ただ、古人骨のゲノムのサンプル数は制限されており、より多くの解析が必要と考えられていた。理研などの研究は大規模な現代日本人ゲノム情報に基づいてこの三重構造モデルを裏付けた形だ。
これらの研究のほか、東京大学大学院理学系研究科の大橋順教授と渡部裕介特任助教らの研究グループは現代日本人のゲノムの中から縄文人に由来する遺伝的変異を検出する独自の手法を開発。都府県別にどの程度縄文人を受け継いでいるかという「縄文人度合」を推定し、その研究成果を2023年2月に発表している。
その度合には地域差があり、東北の青森、秋田、岩手、宮城、福島の各県や関東の茨城、群馬の両県、鹿児島県や島根県などは度合いが高く、近畿や四国の各県では低かった。「度合い地図」では縄文人度合いが飛び抜けて高いことが確実に予想された沖縄県と分析に重要なアイヌ人のデータが得られなかった北海道は除かれている。
また、縄文人は渡来人と比べて遺伝的に身長が低いことや血糖値が高くなりやすく中性脂肪が増えやすい傾向も分かったという。縄文人は農耕を営んでいた渡来人より炭水化物への依存度が低く、血糖値などを高く維持することで狩猟生活に適応していた可能性があるという。興味深い見方だ。
現代日本人のベースになっているのは弥生時代以降の渡来人であることは分かっていたが、東アジアの中で日本人を特徴付けるのは縄文人から受け継いだ遺伝的要素で、東京大学のこの研究は現代人の成り立ちは地域によってかなり異なることを示している。
祖先集団の移動や複雑な混血の実相明らかに
今春発表された理研の研究成果も、それに先立つ金沢大学や東京大学の研究成果も、DNA、ゲノム解析の技術が進化人類学と融合した賜物（たまもの）と言える。日本人のルーツだけでなく、人類のさまざまな集団が持つ遺伝的変異の系統が明らかになって人類がどのように世界中に広まっていったかが分かってきた。
人類進化の研究に新たな視点を提供したデニソワ人の名を命名したのは、2022年のノーベル生理学・医学賞を受賞したドイツ・マックスプランク進化人類学研究所のスバンテ・ペーボ教授だ。教授は約4万年前に絶滅したネアンデルタール人の骨片のゲノム解析を行ってゲノム配列を2010年に発表。欧州やアジアに住む現代人のゲノムの1～4％がネアンデルタール人に由来し、ネアンデルタール人が現生人類と交雑していた証拠を示した。
ペーボ教授はまた、2008年にロシア・シベリアのデニソワ洞窟から出土した骨片の核DNAの全配列を決定してデニソワ人と命名。世界各地の現生人類の核DNA配列と比較して東南アジアの集団では全DNAの4～6％がデニソワ人から受け継いでいることも突き止めている。進化人類学を大きく前進させた業績がノーベル賞受賞につながった。
日本の進化人類学や分子人類学研究の第一人者である国立科学博物館館長の篠田謙一さんによると、1981年に人間のミトコンドリアDNAの全配列が解読された。その後DNAを増幅する技術「PCR法」ができるなどして20年が経過し、2001年に人間一人分の核DNAの全塩基配列が明らかになった。「次世代シーケンサー」と呼ばれる装置の登場で核DNAの解析を短時間で大量にできるようになり、2010年以降、進化人類学は新しい段階に入ったという。
時空を超えて人類、日本人の本質に迫る
篠田さんは日本人の成り立ちを探るために2018～22年に実施された「ヤポネシアゲノムプロジェクト」に主要メンバーとして参画し、日本人成立のシナリオを明らかにする数多くの研究成果を残している。ヤポネシアとはラテン語を組み合わせた造語で日本列島を表す。
今年1月に開かれた日本科学技術ジャーナリスト会議（JASTJ）主催の講演会（月例会）で篠原さんは「このプロジェクトで現代日本人につながるプロセスは弥生時代で止まっておらず古墳時代まで延びることが分かった」「縄文人のゲノムは全て読めているが本州の日本人では（平均）10％が縄文人の遺伝子で90％は弥生時代以降入ってきた遺伝子だ」などと説明した。
さらに「弥生時代にはたくさんの遺伝的変異を持った人たちがこの日本列島で暮らしていた。弥生人と言うが誰か1人をもって弥生人の代表とは言えない」と指摘。「日本人はどこから来たのかとよく言う。私も『我々はどこから来たのか』と自分の本のタイトルに書いたが、アフリカから来たことは分かっているので『日本人の成り立ち』と考える方がいい」と述べた。
さまざまな年代や地域で得られた試料のDNAを比較することが可能になり、出土された骨の形状の違いだけでは判別できなかった私たちの祖先の集団の移動や複雑な混血の経緯が分かってきた。日本人の成り立ちが、そして日本人のルーツは多様であることがはっきりしてきた。
「古代の人々のゲノムを調べることで当時の社会を知ることができるようになった。このことがこの10年のゲノム研究の進歩だ。こうした科学の進歩により社会とか人間とかを深く知ることができる」。篠田さんはこう強調している。
DNA解析、ゲノム解析は明らかに考古学や人類学を大きく変えた。約31億塩基対の「遺伝情報文字」が詰め込まれている細胞核のゲノム。それを読み解く現代の技術は時空を超えて人類や日本人の本質に迫っている。
https://scienceportal.jst.go.jp/explore/review/20240724_e01/
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2023.02.21 #Press Releases
縄文人と渡来人の混血史から日本列島人の地域的多様性の起源を探る
渡部 裕介（生物科学専攻 特任助教）
大橋 順（生物科学専攻 教授）
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2023/8252/
発表のポイント
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現代日本人の縄文人に由来する遺伝的変異（縄文人由来変異）を用いて、現代日本人の地域的多様性が生じるに至った日本列島人の集団史を解明した。
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コンピュータシミュレーションに基づいて、現代日本人のゲノム中から縄文人由来変異を検出する方法を初めて開発した。縄文人由来変異を用いた解析によって、現代日本人の遺伝子型と表現型の地域的な多様性が、各地域の縄文人と渡来人の混血の程度の違いによって生じたことを示した。
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本研究は、日本列島人の集団史を解明する上で重要な知見となることが期待される。
発表概要
今回、東京大学大学院理学系研究科の渡部裕介特任助教と大橋順教授は、現代日本人のゲノム中から、縄文人に由来する遺伝的変異（縄文人由来変異）（注1）を検出する方法を開発しました。日本の各都道府県集団の全ゲノムの単塩基多型（single nucleotide polymorphism; SNP）（注2）情報を用いて縄文人由来変異保有率を調べることで、現代日本人の縄文人と渡来人の混血の程度には地理的な勾配があることを示しました。また、縄文人由来変異に基づいて縄文人と渡来人の表現型を復元することで、縄文人と渡来人はそれぞれの生業形態に適応した表現型を持っていたことを明らかにしました。さらに、現代日本人の一部の表現型に地域差がある理由は、「縄文人と渡来人がそれぞれ特徴的な表現型を持っており、現代における両集団の混血の程度が地域間で異なるため」であることを見出しました。
本研究で得られた知見から、「現代日本人の遺伝子型と表現型の地域的多様性は、先史時代の本土日本の各地域の人口規模の違いに起因する、地域間の縄文人と渡来人の混血の程度の違いにより生じた」という本土日本人の集団形成モデルを提唱しました。本成果は、日本列島人が形成された過程を解明する上で重要な知見となることが期待されます。
本研究成果は、2023年2月18日（米国東部標準時）に米国科学誌「iScience」のオンライン版に掲載されました。
発表内容
現代の本土日本人（日本列島人のうち本州・四国・九州の集団）は、主に狩猟採集を生業としていた縄文人の系統と、農耕を主な生業とし日本列島に稲作文化をもたらした渡来人の系統の混血によって成立したと考えられています（埴原和郎の二重構造モデル）。二重構造モデルによって日本列島人の大まかな成り立ちが明らかになると、今度は日本列島内の地域集団が形成された過程に注目が集まりました。近年の人類遺伝学的研究によって、現代日本の地域集団には、中国人や韓国人など現代のアジア大陸の集団に比較的近縁な地域集団と、近縁でない集団があることが分かっていました（Yamaguchi-Kabata et al. 2008, Am J Hum Genet; Watanabe et al. 2021, J Hum Genet）。日本人の渡来人系の祖先集団は現代のアジア大陸の集団と近縁であることから、この遺伝的な地域差は「縄文時代から弥生時代に起源を発する、縄文人と渡来人の混血度合いの地域差によって生じたのではないか」と予想されていました。
今回、東京大学大学院理学系研究科の渡部裕介特任助教と大橋順教授は、この日本人の地域差が生じた過程を解明するため現代日本人ゲノム中の縄文人由来変異に着目し（図1）、コンピュータシミュレーションを元に現代日本人のゲノム中から縄文人由来変異を検出するための統計指標Ancestry marker index（AMI）を世界で初めて開発しました。こののち、現代日本人100人の全ゲノム情報を用いて縄文人由来変異の検出を行い、検出された縄文人由来変異を用いて大きく2つの解析を行いました。
現代日本人は、縄文人と大陸系東アジア人（渡来人）の混血によって形成されました。現代日本人は、縄文人の系統で特異的に生じた遺伝的変異（縄文人由来変異）を保有しています。日本人のゲノムの中には、この縄文人由来変異の集積した「縄文人に由来するゲノム領域」と、縄文人由来変異の見られない「渡来人に由来するゲノム領域」があります。
まず、本土日本に居住するおよそ10,000人の全ゲノムSNPの遺伝子型データを用いて、各都道府県の集団がゲノム中に縄文人由来変異を何個保有しているか（縄文人由来変異保有率）をカウントしました。この縄文人由来変異保有率によって、各個人のゲノムのうちどの程度が縄文人系祖先に由来しているか（縄文人度合い）を数値化し、個人間で縄文人度合いを比較することができます。縄文人由来変異保有率は東北や関東の一部および鹿児島県や島根県などで特に高い（すなわち縄文人度合いが高い）こと、近畿や四国の各県で特に低い（すなわち縄文人度合いが低い）ことが分かりました（図2）。また、縄文人由来変異保有率と考古学的な先史時代の人口の指標との間に相関関係があることが分かりました（図2）。この結果は、「縄文時代晩期から弥生時代にかけての人口増加率が高かった地域の集団ほど、現代において縄文人度合いが低い」ことを表しています。
図2：現代の本土日本における、縄文人由来変異保有率の地理的分布および、縄文人由来変異保有率と縄文時代晩期から弥生時代にかけての人口増加率との関係。
本土日本のうち青森県・秋田県・岩手県・宮城県・福島県・茨城県・群馬県・鹿児島県・島根県などの集団は縄文人由来変異を多く保有している（すなわち縄文人度合いが高い）一方で、近畿や四国の各県の集団は特に低い（すなわち縄文人度合いが低い）ことが分かりました。また、縄文人由来変異保有率と縄文時代晩期から弥生時代にかけての人口増加率との間に強い負の相関関係が見られました（相関係数R = -0.64, P値 =2.08 × 10-6）。縄文時代晩期から弥生時代にかけての人口増加率は、各時代における遺跡数の変動率をもとに推定しています。
次に、縄文人由来変異を元に日本人のゲノムを「縄文人に由来する領域」と「渡来人に由来する領域」（注3）に分類し（図1）、ゲノムワイド関連解析（注4）の情報を組み合わせて縄文人と渡来人の表現型を推定する解析を行いました（図3 A）。この解析の結果、縄文人は渡来人と比べて遺伝的に身長が低いこと、血糖値が高くなりやすく中性脂肪が増えやすいことが分かりました。縄文人は農耕を生業としていた渡来人と比べて炭水化物食への依存度が低く、血糖値や中性脂肪を高く維持することで狩猟採集へ適応していた可能性があります。一方で、渡来人は縄文人と比べて遺伝的に身長が高いこと、好酸球（白血球の一種）やCRP（炎症に反応し血清中で増加するタンパク質）が増えやすいことが分かりました。一般的に、農耕社会においては集団サイズが増大し人口密度が高くなりやすく集落間の交流も多かったと考えられます。このため、稲作農耕を生業としていた渡来人は病原性の細菌や寄生虫の感染にさらされやすく、好酸球やCRPを高めることで感染症への抵抗性を獲得した可能性があります。また、現代社会において血糖値や中性脂肪が増大しやすいことは肥満の要因となり、好酸球が増大しやすいことは喘息の要因となります。本研究グループは、本土日本の各都道府県のうち縄文人度合いの高い都道府県ほど5歳児における肥満率が高い一方、縄文人度合いの低い都道府県ほど喘息増悪率が高いことを見出しました（図3 B）。以上の結果を元に、本研究グループは現代日本人の一部の表現型に地域差がある理由として、「縄文人と渡来人がそれぞれ特徴的な表現型を持っており、現代における両集団の混血の程度が地域間で異なるため」であると結論付けました。
図3：(A)縄文人と渡来人の表現型の違い、および(B)縄文人由来変異保有率と現代日本人の５歳児の肥満率および喘息増悪発生率の関係。
縄文人と渡来人の表現型の違いはD値という指標で評価されます。(A)は、今回着目した60個の生物学的性質（形質、縦軸）に関してD値を横軸にプロットしたものです。Dの値が極端に大きい、もしくは極端に小さいと、縄文人と渡来人の表現型の差が大きいことを示します。この解析の結果、縄文人は比較的低身長で血糖値や中性脂肪が増大しやすいこと、渡来人は高身長でCRPや好酸球数が増えやすいことが分かりました。また、(B)の解析の結果、現代日本において縄文人度合いの高い地域集団ほど5歳児の肥満率が高く、縄文人度合いの低い地域集団ほど喘息増悪の発生率が高いことが分かりました。
以上の結果を元に、本研究グループは本土日本人の地域的多様性が生じるに至った縄文時代晩期から現在までの本土日本人の形成史モデルを提唱しました（図4）。縄文時代の日本列島には、血糖値や中性脂肪を増大させることで狩猟採集に遺伝的に適応した縄文人が居住していました。縄文人の人口規模は地域によって異なり、東北や九州では比較的多く、近畿や四国では比較的少なかったと考えられます。同時期の東アジア大陸には、CRPや好酸球数を高めることで農耕に伴う感染症リスクに対して遺伝的に適応した集団がいました。彼らは縄文時代晩期に現在の九州北部に渡来したのち、縄文人と混血しながら日本列島全体に拡散し稲作をもたらしました。この際に、近畿・四国地方では稲作が比較的早くに到来したと言われており（Crema et al. 2022, Science Advances）、渡来人の人口増加率が他の地域と比べて高かったと考えられます。この縄文時代末期から弥生時代にかけての人口規模の地域差によって、本土日本の地域間で縄文人と渡来人の混血度合いに地域差が生まれました。現代日本人の遺伝子型や表現型の地域差は、この縄文人と渡来人の混血度合いの地域差に起因すると考えられます。本研究によって本土日本全域での縄文人と渡来人の混血過程についての体系的なモデルが提示されたことで、日本人の形成過程を研究する人類学や考古学などの諸分野に大きく貢献できたと考えられます。また、本研究で開発したAMIという指標は、日本列島人以外でも混血によって形成された集団に適用可能であり、日本列島人以外のヒト集団や、さらにはヒト以外の生物における混血史の解明にも貢献することが期待されます。
図4： 縄文時代晩期から現代にかけての本土日本人の形成過程。
用語解説
注1 縄文人由来変異
縄文人はアジア大陸の集団から数万年前に分化し日本列島に渡ったのち、長期間大陸の集団から孤立していました。そのため、縄文人の系統において、他のアジア大陸の集団において観察されない特有の遺伝的変異が蓄積していたと考えられます。現代日本人はこの縄文人に由来し、他の現代の東アジア人に見られない「縄文人由来変異」を保有しています（図1）。↑
注2 単塩基多型（single nucleotide polymorphism; SNP）
ヒトのDNAの塩基配列（A/T/G/Cの4種類の塩基による並び）を比較すると0.1%程度の違いがあります。塩基配列の違いを多型といい、1つの塩基の違いによる多型を単塩基多型（single nucleotide polymorphism; SNP）と呼びます。↑
注3 縄文人に由来するゲノム領域、渡来人に由来するゲノム領域
現代日本人のゲノム中には縄文人由来変異が集積している「縄文人に由来するゲノム領域」と、縄文人由来変異の見られない「渡来人に由来するゲノム領域」が混在しています（図1）。↑
多人数の全ゲノム情報と表現型の情報を組み合わせて網羅的な解析を行い、特定の遺伝形質と関連する遺伝的変異を見つけ出すために行われる研究手法です。本研究では、日本人を対象とするゲノムワイド関連解析によって得られた「特定の遺伝形質に対して遺伝的変異が与える効果の大きさの値(β)」を用いて縄文人と渡来人の表現型を遺伝学的に予測し、両者の表現型の比較を行いました。
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2023/8252/
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古代大阪市は半島で渡来人が埋め立てた
https://www.thutmosev.com/archives/84300124.html
古代大阪市は海だった
維新の大阪都構想は住民投票で否定さたがまだあきらめておらず、報道では小泉進次郎総理の自民と連立して実現する予定だったそうです
その大阪都の真ん中が大阪市な訳ですが1000年ほど前までは陸続きではなく「島」で、もっと昔は完全な海が広がっていた
「大阪海」は淀川と大和川が運ぶ土砂で埋まっていったがそれだけでは足りず、半島から来た大勢の渡来人が埋め立て工事に従事した
ある説では大阪市民の半数は渡来系住民の子孫で、他の地域とは成り立ちが大きく異なっているそうです。
現在の大阪市は古代には海であり、住吉大社と大阪城を結ぶ高台だけが半島として飛び出していました
起源1000年ほど前に九州は福岡市の海岸に水耕稲作をもたらした集団が上陸し、弥生時代が始まりました
当時縄文末期は気候変動によって木の実などが取れなくなり、九州の縄文人は壊滅状態にありました
しかも縄文人は山地や里山に住むのに対し、渡来人は平地に住んだので競合はしませんでした
むしろ食糧不足だった縄文人は渡来人と取引したり、自らも稲作を始めて混合していきました
起源0年までに大阪もすっかり弥生化し、やがて奈良県に王権が移動し巨大な前方後円墳が続々と築造されました。
ヤマト国家の成立で大阪から九州まで一つの国に組み込まれ、大阪湾は首都の奈良に最も近い港湾になった。
西暦300年頃に神功皇后の三韓征伐があり、勝利したヤマトは半島住民を連れて帰り労働者として使った
この頃大阪湾には淀川と大和川が運んだ土砂が堆積して陸地ができたので、新羅洲や百済洲と名付けて渡来人を住まわせました
新羅洲は現在の浪速区、百済洲は現在の中央区と考えられ、他にも百済群、百済寺、百済川などがあり百済人や新羅人が住んでいたようです
大阪人気質は新羅百済人気質？
巨大古墳で知られる仁徳天皇は神功皇后の孫で西暦400年頃、仁徳天皇は大阪の渡来人居住地近くに皇居をつくり、なんども視察したと記録に残されている
この時代は300年ほど続いたが、663年白村江の戦いで敗れるとヤマトは半島の支配権を失い労働者としての渡来人流入は途絶えた
その後も半島から日本列島へ自主的な渡来は続き、新たな渡来人は元々渡来人が多かった大阪に定住した
大阪市は秀吉の時代も水路が縦横に通っていて、このため大阪城は攻略不可能な無敵の要塞と言われていた
秀吉の朝鮮出兵でまた半島から労働者を連れてきて、徳川時代にかけて完全な陸地が形成された
陸地になった大阪市は商業の街として栄え、江戸より人口が多く栄えていたと言われています
明治維新と日韓併合を経て半島から再び大量の渡来があり、今度は10万人単位で日本列島に移住してきました
移住先はやっぱり渡来人が多い九州や大阪となり、明治以降の移住者も多く住んでいます
このように大阪市は弥生時代から現代にかけて半島からの移住があったので、大阪市民の先祖を辿れば誰か渡来人がいると考えらます
https://www.thutmosev.com/archives/84300124.html
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日本人はどこから来たのか？【CGS 茂木誠 超日本史】
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14133679
古代日本人は狩猟民族だった！？｜ 茂木誠
2023/09/19
https://www.youtube.com/watch?v=SlGLnwplqnA
https://www.youtube.com/watch?v=-0yv8ZTu39o&t=3s
【岩宿遺跡】 日本人はいつから日本列島にいたのか？旧石器時代の発見
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14150180
縄文より前の日本がいろいろヤバい！？旧石器時代の謎！
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14038590
縄文より前の人々は何を食べていたのか！！！
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14091081
太田博樹 _ 縄文人ゲノムから見た東ユーラシア人類集団の形成史
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14088967
イネやアワやキビの栽培は日本列島では縄文時代晩期終末をさかのぼらない
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=16825996
日本語のルーツは9000年前の西遼河流域の黍(キビ)農耕民に！
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14019324
金平譲司 日本語の意外な歴史
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DNAからみた縄文人と弥生人 神澤秀明(国立科学博物館)
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縄文人と弥生人 「日本人の起源」論争
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弥生人の起源 _ 自称専門家の嘘に騙されない為に これ位は知っておこう
http://www.asyura2.com/09/reki02/msg/547.html
弥生人の起源2
http://www.asyura2.com/09/reki02/msg/549.html
出雲大社は元々スサノオを祭る神社だった _ どこから来たのか？スサノオの正体
https://a111111.hatenablog.com/entry/2025/09/26/005349
【世界ミステリーch公式】縄文時代 - YouTube
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朝鮮の無文土器時代人が縄文人を絶滅させて日本を乗っ取った
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被差別同和部落民の起源 _ 朝鮮からの渡来人が先住の縄文人・弥生人をエタ地域に隔離した
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アイヌ人は北海道縄文人の直系の子孫、アイヌ語は縄文人が話していた言葉
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オホーツク文化人の起源とアイヌ人との関係
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アイヌ民族の歴史から世界を見る 加藤博文
https://a777777.bbs.fc2.com/?act=reply&tid=14091952
近世アイヌ集団のmtDNA解析: 雑記帳
https://sicambre.at.webry.info/201901/article_45.html
アイヌ民族が１２世紀ごろ樺太から北海道に渡来した: 雑記帳
https://sicambre.at.webry.info/201903/article_20.html
「縄文人」とアイヌ・琉球・「本土」集団との関係
https://sicambre.at.webry.info/201907/article_32.html
オホーツク文化人のハプログループＹ遺伝子
https://sicambre.at.webry.info/201910/article_5.html
大西秀之「アイヌ民族・文化形成における異系統集団の混淆―二重波モデルを理解するための民族史事例の検討」
https://sicambre.at.webry.info/201911/article_24.html
石田肇「北から移動してきた人たち」『人類の移動誌』第3章「日本へ」第4節: 雑記帳
https://sicambre.at.webry.info/201406/article_29.html
【アイヌの歴史】差別と迫害の苦難の歴史…誕生から現在のアイヌ問題まで
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アイヌの食文化、狩猟採集民・原始農耕民の料理
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沖縄島と宮古諸島の人類集団の形成史
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琉球人は沖縄の先住民なのか？
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【琉球王国の歴史】わかりやすく解説！中国との関係は？沖縄になるまでの激動の歴史
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1-4. 琉球列島のY-DNA遺伝子構成
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【琉球王国の歴史】わかりやすく解説！中国との関係は？沖縄になるまでの激動の歴史
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日本の縄文系女性には世界で最も美しい容貌の遺伝子が伝わっている
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【驚愕】ハードで凄すぎる性事情！「縄文時代」の生活を解説
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天皇の Y染色体が縄文人と同じ D1b だというのはデマ
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輪廻転生とシャーマニズム
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不思議なアイヌのシャーマンの超能力
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アイヌの食文化、狩猟採集民・原始農耕民の料理
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恐山のイタコ
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沖縄のユタ
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【ゆっくり解説】なぜ1700体もの遺骨が持ち去られたのか？人類学・考古学界が衝撃の謝罪！アイヌ遺骨問題と「科学」の名の下に行われた歴史の裏側
やよい&こふんの古代トーク! 2025/12/17
嘘1「アイヌは13世紀以降に現れたから先住民族ではない」
嘘2「和人も縄文の子孫だから、アイヌだけが特別ではない」
ネット上で見かけるこうした言説。
しかし2025年12月15日、日本の歴史と人間を研究するトップ3学協会（日本人類学会、日本考古学協会、日本文化人類学会）が、これらを「ヘイト（差別）」であると断定する異例の共同声明を発表しました。
なぜ今、学会は動いたのか？
そして、声明と同時に発表された「過去の研究に対する謝罪」が意味する、明治以降の「遺骨収集」の恐るべき実態とは？
今回の動画では、最新の声明文を読み解きながら、長年タブー視されてきた「アイヌ遺骨問題」と、考古学・人類学が明らかにした「アイヌ民族の先住性」の科学的根拠についてゆっくり解説します。
この動画でわかること
・「アイヌ文化期＝13世紀開始」を根拠にする説がなぜ間違いなのか？
・「縄文人のルーツ」を巡る、和人とアイヌの決定的な歴史の違い
・研究の名の下に行われた「盗掘」…1700体以上の遺骨収集の闇
・なぜ考古学者も「共犯」とされたのか？沈黙の責任
・2025年、学会が示した「新しい研究と共生」の形
【チャプター】
0:00 導入
0:17 3学協会共同声明とは
1:48 「アイヌ文化期」の誤解
2:43 「縄文人ルーツ説」の罠
3:36 人類学会と考古学協会の謝罪
3:49 歴史の闇・遺骨収集の真実
5:32 考古学の責任と沈黙
6:02 なぜ今、謝罪なのか
6:44 これからの研究と共生
7:29 締め
【ゆっくり解説】古代北海道で北から２度も渡来があった！最新ゲノム解析で判明した「初期オホーツク人」の正体とアイヌ民族の謎
やよい&こふんの古代トーク! 2025/11/22
北海道の歴史は「縄文文化・擦文文化」からそのまま「アイヌ文化」になった…だけだと思っていませんか？
かつて北の海には、擦文文化（縄文人の子孫）とは全く異なる文化を持つ、謎の海洋民族「オホーツク文化人」が存在しました。
彼らは「アムール川流域から来た」というのが長年の定説でしたが、2025年に発表された最新の古代ゲノム解析（Sato et al., 2025）が、その常識を覆しました。
・衝撃！「初期」オホーツク人にはアムール系のDNAがあまり無かった！？
・北海道への移住は「二重の波」だった！
・第一の波：縄文人と出会った「カムチャツカ半島」の人々
・第二の波：大陸アムール川から来た人々
・アイヌ民族の形成に関わった「北からの遺伝子」とは？
最新科学「パレオゲノミクス」が解き明かす、北の海を舞台にした壮大な人類の移動史と、日本人のルーツの新たな側面をゆっくり解説します。
【チャプター】
0:00 導入：北海道の歴史は「縄文」だけじゃない？
1:50 オホーツク文化とは何か？：海に生きた民
3:27 謎の起源：アムール川か、サハリンか？
4:24 2021年の衝撃：NAT002（オホーツク後期）の解析
6:12 2025年の新発見：NAT004（オホーツク初期）の登場
6:50 解析結果：NAT004には「アムール」が少ない！？
7:30 空白の400年：カムチャツカからの第一波
8:22 二重構造モデルのその先へ：アイヌ民族への遺伝的影響
9:10 補足：北の十字路：3集団の出会いと本州の影響
11:32 総括：北の海のダイナミックな集団史
